MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Haemophilus somnus 129PT plasmid pHS129

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006298	GTT	2	6	2	7	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_006298	A	6	6	169	174	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_006298	TAT	2	6	175	180	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_006298	TCC	2	6	237	242	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_006298	G	6	6	257	262	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
6	NC_006298	TCC	2	6	332	337	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_006298	TCA	2	6	338	343	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	52421263
8	NC_006298	CCG	2	6	346	351	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	52421263
9	NC_006298	CACT	2	8	372	379	25 %	25 %	0 %	50 %	52421263
10	NC_006298	CTC	2	6	410	415	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	52421263
11	NC_006298	TTGC	2	8	492	499	0 %	50 %	25 %	25 %	52421263
12	NC_006298	AAC	2	6	536	541	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	52421263
13	NC_006298	CGAT	2	8	606	613	25 %	25 %	25 %	25 %	52421264
14	NC_006298	TGA	2	6	614	619	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	52421264
15	NC_006298	T	6	6	630	635	0 %	100 %	0 %	0 %	52421264
16	NC_006298	AAC	2	6	777	782	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	52421264
17	NC_006298	T	7	7	849	855	0 %	100 %	0 %	0 %	52421264
18	NC_006298	T	6	6	864	869	0 %	100 %	0 %	0 %	52421264
19	NC_006298	ATC	2	6	1011	1016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	52421264
20	NC_006298	TCA	2	6	1039	1044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	52421264
21	NC_006298	GAATA	2	10	1100	1109	60 %	20 %	20 %	0 %	52421264
22	NC_006298	AAAT	2	8	1176	1183	75 %	25 %	0 %	0 %	52421264
23	NC_006298	GAAA	2	8	1209	1216	75 %	0 %	25 %	0 %	52421264
24	NC_006298	GTT	2	6	1270	1275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	52421264
25	NC_006298	AAT	2	6	1293	1298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	52421264
26	NC_006298	TTAAA	2	10	1358	1367	60 %	40 %	0 %	0 %	52421264
27	NC_006298	TAT	2	6	1421	1426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	52421264
28	NC_006298	TAA	2	6	1511	1516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	52421264
29	NC_006298	A	6	6	1599	1604	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_006298	A	6	6	1621	1626	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_006298	A	6	6	1643	1648	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_006298	A	6	6	1665	1670	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_006298	TA	3	6	1696	1701	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_006298	AGAA	8	32	1720	1751	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_006298	T	6	6	1769	1774	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_006298	T	9	9	1776	1784	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_006298	TTC	2	6	1876	1881	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_006298	T	8	8	1913	1920	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_006298	TAC	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_006298	ATTAA	2	10	1950	1959	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_006298	AAT	2	6	2016	2021	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006298	A	7	7	2024	2030	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_006298	A	7	7	2046	2052	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_006298	T	6	6	2066	2071	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_006298	T	6	6	2075	2080	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_006298	A	6	6	2140	2145	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006298	CTT	2	6	2211	2216	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_006298	GCT	2	6	2217	2222	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_006298	CAG	3	9	2309	2317	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_006298	TTGC	2	8	2339	2346	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_006298	GGA	2	6	2384	2389	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_006298	CAA	2	6	2393	2398	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_006298	A	6	6	2403	2408	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_006298	GTATTA	2	12	2547	2558	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_006298	TCA	2	6	2602	2607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_006298	ATTT	2	8	2680	2687	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_006298	GTA	2	6	2758	2763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_006298	A	6	6	2773	2778	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_006298	TAT	2	6	2791	2796	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_006298	TAT	2	6	2811	2816	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_006298	A	6	6	2845	2850	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_006298	T	6	6	2852	2857	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_006298	A	6	6	2865	2870	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_006298	A	7	7	2874	2880	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_006298	T	6	6	2925	2930	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_006298	T	7	7	2933	2939	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_006298	T	7	7	2947	2953	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_006298	ATTT	2	8	3016	3023	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_006298	A	8	8	3041	3048	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_006298	A	6	6	3050	3055	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_006298	TTTC	8	32	3072	3103	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_006298	AT	3	6	3122	3127	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_006298	GGT	2	6	3147	3152	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_006298	GGT	2	6	3169	3174	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_006298	GGT	2	6	3191	3196	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_006298	GGT	2	6	3213	3218	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_006298	GGT	2	6	3235	3240	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_006298	AAC	2	6	3376	3381	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	52421265
79	NC_006298	G	6	6	3472	3477	0 %	0 %	100 %	0 %	52421265
80	NC_006298	GCAA	2	8	3513	3520	50 %	0 %	25 %	25 %	52421265
81	NC_006298	A	6	6	3548	3553	100 %	0 %	0 %	0 %	52421265
82	NC_006298	TGA	3	9	3554	3562	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	52421265
83	NC_006298	ATT	2	6	3698	3703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	52421265
84	NC_006298	GT	3	6	3724	3729	0 %	50 %	50 %	0 %	52421265
85	NC_006298	ATT	2	6	3761	3766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	52421265
86	NC_006298	AAAT	2	8	3824	3831	75 %	25 %	0 %	0 %	52421265
87	NC_006298	A	6	6	3969	3974	100 %	0 %	0 %	0 %	52421265
88	NC_006298	A	7	7	3983	3989	100 %	0 %	0 %	0 %	52421265
89	NC_006298	GTT	2	6	4056	4061	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	52421265
90	NC_006298	A	6	6	4203	4208	100 %	0 %	0 %	0 %	52421265
91	NC_006298	ATC	2	6	4218	4223	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	52421265
92	NC_006298	ATCG	2	8	4225	4232	25 %	25 %	25 %	25 %	52421265
93	NC_006298	AG	3	6	4346	4351	50 %	0 %	50 %	0 %	52421266
94	NC_006298	ATGA	2	8	4366	4373	50 %	25 %	25 %	0 %	52421266
95	NC_006298	GGA	2	6	4473	4478	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	52421266
96	NC_006298	TAA	2	6	4485	4490	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	52421266
97	NC_006298	AATT	2	8	4536	4543	50 %	50 %	0 %	0 %	52421266
98	NC_006298	TTAT	2	8	4630	4637	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_006298	CTC	2	6	4651	4656	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_006298	ATGA	2	8	4664	4671	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_006298	TGA	3	9	4669	4677	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_006298	TG	3	6	4686	4691	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_006298	AAT	2	6	4723	4728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_006298	TAAAAC	2	12	4778	4789	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_006298	ATG	2	6	4835	4840	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	52421267
106	NC_006298	GATA	2	8	4890	4897	50 %	25 %	25 %	0 %	52421267
107	NC_006298	GCT	2	6	4919	4924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	52421267
108	NC_006298	AACG	2	8	4949	4956	50 %	0 %	25 %	25 %	52421267
109	NC_006298	TAA	2	6	5026	5031	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	52421267
110	NC_006298	A	6	6	5055	5060	100 %	0 %	0 %	0 %	52421267
111	NC_006298	T	6	6	5095	5100	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_006298	A	6	6	5173	5178	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.